要弄清楚在MacVector里怎么把序列上的那些注释给导出来，还有导出来以后顺序不对该怎么调整，得先想明白你是打算把整条序列连同注释一块儿保存成文件，还是只单独拉出一张包含Feature和Annotation的表格。在MacVector的序列窗口里，通常都有Map、Features、Annotations这样几个标签页，按照官方资料的说法，Features和Annotations这两个标签页里面的内容，是可以通过【Export Tab Contents As】这个选项给导出成csv或者tsv格式的，这样一来，放到表格软件里面再做后续的整理就比较方便了。如果是要交给别人，让他们继续在别的序列分析软件里打开，那就应该优先去导出成GenBank、FASTA这一类序列格式；可要是为了做实验记录、编写质粒说明，或者交付一张整理好的表格，那把注释表导出来会更加省事一些。

PCR引物看着只是两段短短的序列，可真到了做实验的时候，很多人会卡在退火温度这一关上。MacVector里引物退火分析怎么做，不同引物的退火温度又该怎么放在一起比较，这里头的关键，是不能光盯着一条引物的Tm值去看，而是得把这一对引物，搁到目标序列里头，去做一次完整的检查。MacVector的【Analyze】菜单下，有一个【Primer Design/Test(Pairs)】功能，它既能靠Primer3那套算法去自动找引物，也能让你把已经设计好的引物对输进去做测试，跑完之后，会把每一条引物的Tm值，还有推荐用的那个退火温度Ta，都一块儿给列出来。

我们在不同的程序或者数据库之间传递序列文件的时候，格式问题经常会冒出来，虽然不算大毛病，但也能让人折腾一阵子。在MacVector里边怎么把序列转成自己想要的格式，碰上一大批序列文件的时候又该怎么统一处理，动手之前先要搞清楚目的。要是只打算提交一段纯碱基序列，那转成FASTA格式就足够省事了；可要是还指望着把基因、编码区、引物结合位点、酶切位置这些注释也原样带走，就更适合去转成GenBank或者其他带注释的格式。MacVector官方的说明里面也写了，这个工具能导入好多种序列格式，所以在正式开始转换以前，最好先想一想那些注释到底还用不用得上。

质粒图如果还是一条线性的序列，后面想去查找酶切位点、辨认插入片段和各个功能元件，操作起来就会觉得特别别扭。在MacVector里面，要把质粒变成环状，再把方向调整到合适的状态，这里面的关键是先确认序列的首尾两端能不能顺利地闭合成环，然后再去分析方向上的不协调，究竟是起点位置选得不对，还是插入片段本身的方向接反了。根据官方教程的说明，在克隆工具板（Cloning Clipboard）当中，既可以使用【Circularize】功能来环化，也可以把片段的一端直接拖到另一端，在弹出的窗口里点击【Ligate】，生成一条崭新的环状序列。

在序列分析的时候，挺常见也特别磨人的一件事，就是翻译出来的氨基酸序列，跟心里预想的那个蛋白对不上。要用 MacVector 来正确地翻译蛋白，并且能够在不同的阅读框之间灵活切换，关键的一步是先把手里的 DNA 序列看清楚，明白它到底是一段完整的编码区（CDS）、一段局部的短序列，还是一段还没确定开放阅读框（ORF）的未知片段。在 MacVector 里面，既可以在序列编辑窗口的旁边直接看到三框或六框的氨基酸翻译结果，也可以通过菜单里的【Analyze】→【Translation】，去生成一份文本格式的蛋白翻译，这两种办法都可以按习惯来选。

在Sanger测序结果复核、克隆验证或者突变位点确认的时候，经常会碰到需要处理测序峰图的情况。关于MacVector怎么导入测序峰图，以及面对杂峰要怎么校正，处理的时候不能只看软件自动识别出来的那串碱基，还得回到原始的峰形、质量区间和参考序列上去判断。MacVector可以直接打开ABI的Trace文件，并且能像分析普通序列一样去处理它，在Align To Reference和Assembler界面里也能够显示实际的峰图数据。

在构建质粒、核对插入片段，还有筛选克隆方案的时候，头一件事往往就是做限制性酶切分析，MacVector里这个分析怎么来完成，那些酶切位点又怎么一批批地标上去，关键就在于，先让软件把DNA序列认准了，然后再按照酶库、切了几次、还有想看多大的范围，去把结果给筛出来，MacVector里头的限制性酶功能，能比Map视图更深入地去看那些酶切位点，同时Map视图里，也可以直接把位点显示出来。

在拿到一段还没有加上注释的DNA序列的时候，先去观察一下它的开放阅读框，对于判断哪些区域可能承担编码功能是很有帮助的。在MacVector这个软件里面，开放阅读框要怎么样才能查看得到，而查出来的那一堆结果又要怎么样去把它筛选出来，这里面的关键操作，就是先把ORF的显示功能给打开，然后再按照长度、方向、起始密码子以及跟已有注释的关系，把那些会形成干扰的候选片段给排除掉。MacVector本身提供了一个叫做Scan for Open Reading Frames的工具，它可以自动去扫描DNA序列，扫描完成之后的开放阅读框会被展示在Map标签页当中。

MacVector序列比对怎么做MacVector比对参数如何选择更稳定，关键不在于一上来就改参数，而在于先把比对入口选对。MacVector官方把常见比对分成多序列比对、参考序列比对和点阵比较几条路径，其中多序列比对常用ClustalW、Muscle、T-Coffee，参考序列核对则更适合走【Analyze】里的【Align to Reference】。如果任务类型没分清，后面参数再怎么调，结果也容易忽前忽后。

做测序结果核对时，最怕的不是有错，而是看到了差异却不知道该先改哪里、该不该直接裁掉两端低质量区域。MacVector这类工作通常不是在单个序列窗口里硬改，而是先把参考序列和测序读段放到同一个对齐环境里，再结合痕迹图、错配定位和质量值显示来判断。MacVector的Sequence Confirmation适合拿已知参考序列去核对克隆、接头区或点突变结果，而低质量碱基批量修剪则主要针对Sanger读段两端质量下降的情况。