在构建质粒、核对插入片段，还有筛选克隆方案的时候，头一件事往往就是做限制性酶切分析，MacVector里这个分析怎么来完成，那些酶切位点又怎么一批批地标上去，关键就在于，先让软件把DNA序列认准了，然后再按照酶库、切了几次、还有想看多大的范围，去把结果给筛出来，MacVector里头的限制性酶功能，能比Map视图更深入地去看那些酶切位点，同时Map视图里，也可以直接把位点显示出来。

　　一、限制性酶切分析怎么做

　　在用MacVector跑酶切分析以前，我们得先确认，打开来的是核酸序列，而且序列的方向、到底是环状还是线状，这些情况都得给它设对了，质粒就把它当成一个环状的分子来对待，PCR片段或是线性片段，就照着线性序列的规则来，否则的话，后面算出来的片段大小，还有切点在哪儿，都容易跑偏。

　　1、打开你要的DNA序列

　　在MacVector里把质粒或者片段的文件打开，先到序列视图里面，看一看它的长度、起点和终点，还有上面已经注释好的那些特征，如果这序列是从外面复制过来的，就要留意一下，看它里面有没有多余的空格、非法字符，或者是不是缺了哪个碱基。

　　2、进入酶切分析功能

　　把菜单切到分析或者类似的位置，去选限制性酶功能，进到分析窗口以后，再挑这一回要用的酶库，或者是酶的集合，一开始的时候，可以先用那些最常用的酶，去做一个初步的筛选，要是觉得还不够，再把它扩大到更全的酶库里面去。

　　3、设置切点筛选的条件

　　我们要照着实验的目的去筛酶，在克隆构建的时候，常常会盯着单切酶、能配成对的双酶，还有那些不会在载体关键区域随便下刀子的酶；做鉴定的时候，就更在意哪几种酶能切出明显不一样的片段，可不要一口气就把所有的酶都给亮出来，不然Map图上会乱成一团。

　　4、查看切点和片段结果

　　分析跑完之后，再去看看酶的名字、它认的序列、切点在哪个位置、总共切了几下、还有预估出来的片段大小，在Map视图里，把鼠标悬停在酶切位点上，就能看到它认的是什么序列、切在哪儿、切了几回。

　　二、酶切位点怎么一批一批标上去

　　批量标注不是说把所有的酶都堆到图上面，而是让那些我们真正需要的位点自己冒出来，再把不相干的那些滤到一边去，这样导出来的质粒图，才适合放进实验记录，或是克隆方案里面。

　　1、开启自动显示酶切位点

　　先进到MacVector的偏好设置里，在跟Map视图或者DNA扫描有关的地方，把显示限制性酶切位点的开关给它打开，MacVector的提示里也讲，如果要在Map视图里动态地看到这些切点，就得到偏好设置里，把对应的限制性酶位点选项打开来。

　　2、挑出一套要显示的酶集合

　　不要直接就显示全部的酶，你可以按实验室里常用的酶、供应商的酶库、单切酶，或者照着某个克隆策略来筛，MacVector里面还有一个小工具，可以交互式地去看序列里都有哪些酶的位点，用它来快速地把候选酶的范围收窄，是很方便的。

　　3、把同一种酶的切点全框起来

　　要是你想把某一种酶的所有切点都同时拎出来，在Map视图里对着其中一个该酶的位点，双击一下，MacVector就会把这种酶的每一个位点都给选中，同时在图形面板的结果树里，它们也会一块儿亮出来。

　　4、调一调标注的显示样子

　　当那些位点挤得太密时，你就只让单切酶、双酶，或者是指定区域附近的酶，出来露个脸就行了，图上的图例、酶的名字、切点位置、片段标记，这些东西都得保持清楚，可别为了显示完整的酶库，把一张好好的质粒图，给挤得连下脚的地方都没了。

　　三、酶切结果太乱怎么整理

　　酶切位点一多，往往不是分析出了错，而是刚开始筛的时候，网眼张得太大了，一张真能拿去指导实验的图，得让人一眼就能看到，哪些是候选的酶，它们切在哪里，切出来的片段又是啥样子。

　　1、先用切割次数来筛一遍

　　做克隆的时候，总是会先去看单切酶；做鉴定时，就去盯着那些能切出清晰条带差异的酶，那些会切很多刀的酶，也不是说就不能用，但你得确认一下，它切出来的片段大小，适不适合放到胶图上去判断。

　　2、把关键功能区给躲开

　　要是序列上有一些地方是不能被切开的，像启动子、开放阅读框、标签序列，或者是抗性基因，那你找酶的时候，就要专门去找那些，会在这块区域外面下刀子的酶，MacVector的技巧文章里也说过，可以去寻找只在指定区域之外才动手的限制性酶。

　　3、导出前再核对一遍序列状态

　　在准备导出质粒图，或是酶切结果之前，再最后确认一下，序列现在是线性的，还是环状的，酶库有没有选对，亮出来的酶是不是都已经按条件筛过了，批量标注完了以后，如果图上的信息还是密得让人头疼，你就把它拆开来，一部分做成构建图，再另拿一部分，单独列一张酶切结果表，这样分着看就清楚多了。

　　总结起来，在MacVector里做限制性酶切分析，先把正确的DNA序列打开，用限制性酶功能去查切点、片段和切割次数；做酶切位点批量标注时，关键是先在Map视图里打开位点显示，然后按酶集合、切割次数、目标区域去筛选；结果太乱的时候，别一个劲地往上堆标注，而是想办法把显示范围缩小，让质粒图真正帮得上克隆设计和实验复核的忙。