在进行CDS检查、突变位点确认以及质粒插入片段验证的时候，大家经常需要用到MacVector来把DNA序列翻译成蛋白序列，这是一个很常用的操作。关于MacVector蛋白翻译怎么设置，还有MacVector蛋白翻译结果怎么保存，其实并不是简单地点击一下翻译按钮就能搞定的，我们在操作前，需要先把读码框、链的方向、CDS注释以及遗传密码表这些内容都确认好才行。MacVector这个软件可以在序列编辑器里面把3框或者6框的翻译显示出来，同时它也支持按照已经有的CDS注释，把实际的蛋白翻译结果展现出来。

　　一、MacVector蛋白翻译怎么设置

　　我们在进行蛋白翻译之前，得先看一看自己手里的序列到底是什么类型的。在这里，新手很容易犯错，经常会把反向链上的编码区当成了正向链来翻译，这样操作之后，结果里面就会出现很多提前终止的符号。

　　1、先显示正负链翻译

　　把DNA序列打开以后，我们需要切换到序列编辑的视图界面，这时候大家可以通过Display按钮或者Strands相关的按钮，把翻译显示出来。MacVector这个软件能够支持显示正链的3个读码框，同时它也能把负链的3个读码框显示出来。

　　2、确认读码框和方向

　　如果发现目标区域在+1、+2、+3这三个框里面的某一个框能连续翻译，而且中间没有看到明显的提前终止，这就说明目标区域可能是在正链上面；要是看到主要的开放阅读框是出现在-1、-2、-3里面，这时候我们就需要去考虑互补链的方向了。

　　3、按CDS注释翻译更稳妥

　　对于那些已经带有GenBank注释的序列，它们里面通常都是包含有CDS Feature的。MacVector里面的Show CDS Translations功能，会根据Features列表里的CDS注释把实际的翻译区显示出来，在检查成熟序列的时候，这种方法比随便查看6框翻译要更合适一些。要是大家自己的片段里面还没有CDS注释，我们可以先把编码区域选中，然后去创建一个CDS Feature，接着再回到显示翻译结果的界面就可以了。

　　4、设置遗传密码表

　　平常我们遇到普通的细菌、真核核基因，一般使用的都是Universal Genetic Code，但是如果序列是来自线粒体或者某些特殊的生物，这时候可能就得去更换遗传密码表了。MacVector在翻译的时候，会去使用当前已经选择好的genetic code，而且氨基酸的显示方式也会受到Text Display偏好设置的影响，就比如会显示成单字母或者三字母的形式。

　　5、正式运行Translation分析

　　如果我们是想要得到一条能够保存下来的蛋白序列，而不仅仅是临时看一眼，我们就需要去运行【Analyze】→【Translation】了。在操作的时候，我们可以选择整段序列，也可以在Segment范围对应的输入框里填上指定的区间，或者直接从Feature列表里面把某个CDS选出来；只要把Create new protein勾选上，MacVector就会把一个新的蛋白序列窗口生成出来。

　　二、MacVector蛋白翻译结果怎么保存

　　在把翻译结果保存下来之前，我们要先分清楚“显示出来的翻译”和“生成出来的蛋白序列”这两者。前面那一种只适合用来快速地看一眼读码框，后面那一种才适合我们后面拿来保存、做比对、跑BLAST或者写进项目资料里面。

　　1、保存新生成的蛋白序列

　　我们通过运行【Analyze】→【Translation】并且勾选了Create new protein以后，就会得到一个新的Protein sequence窗口。在我们确认好序列的名称、长度还有终止符号都没有问题之后，就可以使用【File】→【Save】或者【Save As】来保存了。

　　2、从文本结果中复制短肽段

　　有时候大家可能只是需要复制一小段氨基酸序列，比如想看看融合标签连接的地方有没有发生移码。MacVector这里提供了一个可行的办法：我们先去把目标的DNA区域选中，接着运行【Analyze】→【Translation】，再选择Display text view with translation，并且要把Number of Frames设置成3或者6；之后在弹出的结果窗口里面，我们把需要的氨基酸文本选中，就可以把它复制到新的序列文档或者外部的文件里面去了。

　　3、批量保存多个CDS翻译结果

　　如果我们手头处理的是细菌的基因组、质粒库或者有很多个CDS注释的文件，这时候就可以去使用【Analyze】→【Translate All CDS Features】。这个功能可以把当前序列里面的所有CDS都批量翻译出来，并且让它以FASTA格式显示出来，方便大家去复制或者保存，同时它还可以把codon usage table生成出来。这种方式和一个个CDS去手动翻译相比，要更适合用来批量整理数据。

　　4、把翻译结果保留在注释中

　　如果大家的目的只是为了整理带有注释的质粒或者基因文件，那么我们可以把准确的编码区直接保存为CDS Feature。MacVector在创建或者处理CDS相关的注释时，是可以把预测出来的翻译作为Feature信息的一部分保留下来的；这样大家以后重新打开文件的时候，CDS和它对应的蛋白信息就会跟着序列一起被管理了。

　　三、翻译结果异常时应该怎样检查

　　如果发现蛋白翻译出来的结果不正常，这时候不一定就是MacVector的设置出了问题。其实更常见的原因，是序列本身就不完整、链的方向选反了、读码框发生了偏移，或者是CDS的范围没有从正确的位置开始算起。

　　1、出现大量星号时先查读码框

　　要是看到翻译结果里面频繁地出现终止符号，大家先不要急着去保存。我们需要检查一下起始的位置是不是从正确的密码子开始的，看一看插入片段的前后有没有多出来1个或者2个碱基，还要看测序的结果里面是不是有缺失、插入或者N。如果发现同一段DNA在换了一个读码框以后序列就变得连续了，这通常就说明我们之前选的frame是不对的。

　　2、蛋白长度不对时看CDS边界

　　要是翻译出来的结果比预期的要短很多，这可能是因为CDS没有把完整的区域覆盖进去，或者是序列中间有提前终止密码子存在。如果结果比预期的还要长，那也有可能是把载体的序列、连接臂或者非编码区也一起翻译进去了。遇到这种情况，我们应该回到Map视图或者Features视图里面，重新去核对Start、Stop以及Complementary的设置。

　　3、方向不确定时结合ORF和BLAST判断

　　面对未知的片段，我们千万不要只盯着一个方向看。我们可以先让软件显示出6框翻译，把比较长的ORF找出来，接着把候选的蛋白序列保存下来去跑一个同源性比对。如果发现负链的翻译结果和目标蛋白更接近，这时候我们就需要考虑去对DNA序列做反向互补的操作了，或者需要把CDS Feature设置成Complementary。

　总结

　　总的来说，在用MacVector进行蛋白翻译的时候，可以先通过正负链翻译还有Show CDS Translations来快速地查看，接着利用【Analyze】→【Translation】就能把可保存的Protein sequence生成出来了。如果遇到有很多个CDS需要处理的情况，大家可以用【Translate All CDS Features】来批量输出FASTA。只要把这几个步骤都弄清楚了，那么关于MacVector蛋白翻译怎么设置，以及MacVector蛋白翻译结果怎么保存，我们就能把这个临时的查看操作，变成一套可以追溯的序列分析流程了。